W dniu 20 stycznia 2015 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał wyrok (sygn. akt II FSK 3068/12) w sprawie możliwości zaliczenia uiszczonego podatku od czynności cywilnoprawnych do kosztów uzyskania przychodu.
Sprawa dotyczyła osoby fizycznej będącej komandytariuszem spółki komandytowej. Komandytariusz wniósł do spółki wkład niepieniężny w postaci nieruchomości. W związku z powyższym, spółka była zobowiązana do uiszczenia podatku od czynności cywilnoprawnych. Komandytariusz zwrócił się z pytaniem do Ministra Finansów, czy wartość zapłaconego przez spółkę podatku od czynności cywilnoprawnych stanowi dla wszystkich wspólników spółki, proporcjonalnie do ich udziału w zysku/stracie, koszt podatkowy z prowadzonej przez nich, w formie spółki, pozarolniczej działalności gospodarczej.
Minister Finansów w interpretacji indywidualnej uznał, że podatek PCC nie będzie stanowić kosztu podatkowego z prowadzonej pozarolniczej działalności gospodarczej, ale może zostać uznany za koszt związany z prawem majątkowym. W konsekwencji, uiszczony podatek będzie mógł być zaliczony do kosztów w momencie zbycia ogółu praw i obowiązków w spółce. Pogląd ten podzielił również Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, który oddalił skargę komandytariusza.
Sprawa trafiła do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który uznał, że wniesienie wkładu nie powoduje powstania po stronie wspólnika przychodu podlegającego opodatkowaniu, a więc jest neutralne podatkowo. W konsekwencji, w opinii NSA, skoro z wniesieniem wkładu nie wiąże się powstanie przychodu ani po stronie wnoszącego taki wkład, ani po stronie spółki, to tym samym nie jest możliwe uznanie uiszczonego w związku z tą czynnością podatku PCC za koszt uzyskania przychodu z tytułu prowadzonej działalności gospodarczej. Zdaniem Sądu, nie ma przy tym znaczenia okoliczność, że to spółka osobowa zobowiązana jest do zapłaty tego podatku.