W wyroku z 28 maja 2019 roku, III SA/Wa 3090/18, WSA w Warszawie stwierdził, że podatnik ma prawo odliczyć podatek naliczony związany z transakcjami rozliczanymi na zasadzie odwrotnego obciążenia (WNT, import usług, transakcje krajowe objęte odwrotnym obciążeniem) w miesiącu powstania obowiązku podatkowego, w przypadku gdy uwzględni kwotę podatku należnego
z tytułu tych transakcji we właściwej deklaracji podatkowej po upływie 3 miesięcy od końca miesiąca, w którym w stosunku do nabytych towarów lub usług powstał obowiązek podatkowy.
Skarżąca (dalej także „Wnioskodawczyni”) złożyła wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej, w którym przedstawiła następujący stan faktyczny. W związku z prowadzoną działalnością nabywa towary i usługi, z tytułu których to transakcji podatnikiem jest nabywca. W odniesieniu do powyższych transakcji zdarzają się sytuacje, w których wskutek niezawinionych przez siebie przyczyn nie wykazuje kwoty podatku należnego w terminie 3 miesięcy od upływu miesiąca, w którym powstał obowiązek podatkowy. Późniejsze wykazanie podatku przez korektę właściwej deklaracji nie jest związane z żadnym nadużyciem. W związku z tym, zadała pytanie czy w odniesieniu do transakcji WNT, importu usług oraz transakcji krajowych objętych mechanizmem odwrotnego obciążenia, ma prawo do odliczenia podatku naliczonego w miesiącu powstania obowiązku podatkowego w przypadku, gdy uwzględni kwotę podatku należnego z tytułu tych transakcji we właściwej deklaracji podatkowej po upływie 3 miesięcy od końca miesiąca, w którym w stosunku do nabytych towarów lub usług powstał obowiązek podatkowy.
W ocenie Skarżącej, odpowiedź na tak postawione pytanie jest twierdząca. Wnioskodawczyni wskazała, że wprowadzony z dniem 1 stycznia 2017 r. wymóg wykazania podatku należnego w terminie 3 miesięcy od upływu miesiąca, w którym w odniesieniu do nabytych towarów powstał obowiązek podatkowy (mający zastosowanie do transakcji objętych odwrotnym obciążeniem) jest wymogiem formalnym nieznanym przepisom Dyrektywy VAT, w związku z czym nie powinien mieć zastosowania. Nie jest więc zgodne z Dyrektywą przesunięcie w czasie prawa do odliczenia (brak możliwości rozliczenia podatku naliczonego i należnego w tym samym okresie) oraz konieczność ewentualnej zapłaty odsetek od powstałej zaległości ze względu na niedochowanie warunków formalnych.
W interpretacji indywidualnej Dyrektor KIS uznał stanowisko Skarżącej za nieprawidłowe. Organ podatkowy powołał się przy tym na treść przepisów ustawy o VAT, które w jego ocenie nie stoją
w sprzeczności z przepisami Dyrektywy VAT.
Po rozpoznaniu skargi Wnioskodawczyni, WSA w Warszawie przyznał jej rację i uchylił przedmiotową interpretację indywidualną. Według Sądu, polskie przepisy ustawy o VAT są w tym zakresie sprzeczne z Dyrektywą VAT. Wnioskodawca ma więc prawo do bezpośredniego odwołania się do przepisów Dyrektywy VAT i w efekcie może rozliczać podatek naliczony z tytułu transakcji opodatkowanych na zasadach odwrotnego obciążenia w rozliczeniu za okres, w którym podatek podlegający odliczeniu stał się wymagalny.
