W dniu 12 lipca 2018 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał wyrok (sygn. I FSK 1037/16) dotyczący określenia części, w jakiej odliczeniu podlega podatek VAT za podróże służbowe samochodami wykorzystywanymi do celów mieszanych.
Podatnik posiada flotę samochodów, które są przez niego wykorzystywane zarówno w działalności gospodarczej, jak i do celów prywatnych. Wykorzystując pojazdy do podróży służbowych, podatnik ponosi koszty związane z zakupem paliwa, przejazdem autostradami oraz nabywaniem usług parkingowych. Oprócz tego ponosi także standardowe opłaty eksploatacyjne, takie jak wymiana opon, mycie, czy też wydatki na GPS. Podatnik twierdził, że jest uprawniony do odliczenia 100% VAT naliczonego w związku z powyższymi opłatami. Jego zdaniem polskie przepisy uprawniające do odliczenia jedynie 50% VAT od takich opłat nie są zgodne z przepisami unijnymi, a tzw. decyzja derogacyjna Rady UE umożliwia ograniczenie prawa do odliczenia podatku tylko za nabycie aut, a nie za wydatki na nie związane wyłącznie z prowadzoną działalnością gospodarczą. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uznał jednak, że nawet pomimo obowiązywania w polskim prawie decyzji derogacyjnej, dopuszczalne jest wprowadzanie nowych ograniczeń dotyczących prawa do odliczenia VAT, jeśli nie pogorszy to sytuacji prawnej podatnika.
NSA również nie dopatrzył się niezgodności polskich przepisów z prawem unijnym i uznał, że podatnik nie jest uprawniony do skorzystania z odliczenia 100% naliczonego podatku VAT. Oznacza to, że w przypadku aut wykorzystywanych do celów mieszanych, podatnik może odliczyć jedynie 50% podatku VAT z faktur dokumentujących opłaty związane z ich eksploatacją w czasie podróży służbowych.
