Sprawa dotyczyła Spółki prowadzącej działalność gospodarczą w zakresie wynajmu nieruchomości w budynku biurowym. Aby dostosować wynajmowane lokale dla potrzeb kolejnych najemców, po zakończeniu umów najmu Spółka dokonuje fizycznej likwidacji nakładów inwestycyjnych związanych z konkretnym najemcą (np. podłóg, wykładzin, zabudowy kuchennej, instalacji elektrycznej czy klimatyzacyjnej, drzwi, okładzin ceramicznych, okładzin ściennych, sufitów podwieszanych, ścian działowych itp.), przy czym likwidacja następuje jeszcze przed zakończeniem amortyzacji tych nakładów.
W związku z tym spółka wystąpiła do Dyrektora KIS z pytaniem, czy takie zlikwidowane nakłady może zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów. Spółka uznała, że może to zrobić w oparciu o art. 16g ust. 16 ustawy o pdop. Przepis ten stanowi, że w razie trwałego odłączenia od środka trwałego części składowej lub peryferyjnej, wartość początkową tego środka zmniejsza się, od następnego miesiąca po odłączeniu, o różnicę między ceną nabycia (kosztem wytworzenia) odłączonej części a przypadającą na nią, w okresie połączenia, sumą odpisów amortyzacyjnych obliczoną przy zastosowaniu metody amortyzacji i stawki amortyzacyjnej stosowanej przy obliczaniu odpisów amortyzacyjnych tego środka trwałego.
Na tej podstawie Spółka uznała, że całkowita lub częściowa likwidacja poniesionych przez nią nakładów spowoduje konieczność zmniejszenia wartości początkowej środka trwałego, a niezamortyzowane nakłady powinny zostać uznane za koszty uzyskania przychodu.
Dyrektor KIS uznał jednak stanowisko Spółki za nieprawidłowe. Organ podatkowy stwierdził, że likwidacja nakładów nie stanowi odłączenia części składowej środka trwałego, gdyż odłączenie poniesionych nakładów ma charakter nietrwały. W konsekwencji organ uznał, że nie można zmniejszyć wartości początkowej środka trwałego o wartość zlikwidowanych nakładów. W konsekwencji Spółka nie będzie też miała możliwości zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów likwidowanych nakładów w części, w jakiej nie zostały one zamortyzowane.
Spółka zaskarżyła tę interpretację do WSA w Warszawie, który przyznał jej rację (sygn. akt III SA/Wa 654/17). Sąd uznał, że dla rozstrzygnięcia, kiedy mamy do czynienia z trwałym odłączeniem, istotne znaczenie ma przyczyna odłączenia i zamiar podatnika. Jeżeli podatnik odłączył część z zamiarem jej sprzedaży lub przyłączenia do innego środka trwałego, albo gdy przyczyną odłączenia był fakt, że część ta przestała spełniać swoje funkcje, mówimy o trwałym odłączeniu. W ocenie Sądu trwałe odłączenie części składowej występuje zawsze, gdy przedmiot odłączony zostanie trwale uszkodzony lub zmieni się. WSA wskazał, że skoro Spółka zamierza dostosować wynajmowane przez siebie pomieszczenia i w tym celu dokonuje fizycznej likwidacji poszczególnych elementów wyposażenia biura, to odłączane elementy, z uwagi na warunki nowej umowy najmu, utracą dla skarżącej dotychczasowe funkcje, czego efektem będzie ich fizyczna likwidacja. Tym samym Sąd za błędne uznał stanowisko organu, że w sprawie nie mamy do czynienia z trwałym odłączeniem. Sąd pierwszej instancji nie podzielił też stwierdzenia, że likwidowane nakłady nie mogą stanowić części składowej środka trwałego.
NSA wyrokiem z dnia 20 stycznia 2021 r. (sygn. akt II FSK 2254/18) uchylił powyższy, korzystny dla podatnika wyrok WSA. NSA uznał, że skoro Spółka za każdym razem czyni nakłady dostosowane do potrzeb konkretnego najemcy, z zamiarem późniejszej ich likwidacji, to takie nakłady nie stanowią części składowych środka trwałego, a jedynie rzeczy połączone dla przemijającego użytku, w rozumieniu art. 47 par. 3 kodeksu cywilnego. W analizowanym przypadku nie dochodzi zatem do trwałego odłączenia części składowej środka trwałego, czyli definitywnego pozbawienia środka trwałego części składowych nieruchomości biurowej. Tym samym Sąd stanął na stanowisku, że brak jest możliwości zaliczenia przez Spółkę zlikwidowanych nakładów do kosztów uzyskania przychodów w części, w jakiej nie zostały one zamortyzowane.
