W związku ze zmianami dot. prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, które weszły w życie 15 sierpnia 2015 r., w praktyce prawo podatników do kontroli sądowej przewlekłego działania urzędników zostało ograniczone. Sądy administracyjne odrzucają bowiem skargi m. in. w zakresie przedłużeń czynności weryfikacyjnych dotyczących zwrotu podatku VAT (np. WSA w Łodzi w postanowieniu z 11 lutego 2016 r., sygn. akt I SA/Łd 120/16, czy też WSA Warszawie postanowieniem z 21 stycznia 2016 r., sygn. akt III SA/Wa 3226/15).
Wszystko przez zmianę art. 3 par. 2 p.p.s.a., który określa jakimi sprawami mogą się zajmować sądy administracyjne. Przed 15 sierpnia 2015 r. był to każdy akt lub czynność z zakresu administracji publicznej, które dotyczyły uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa. Znowelizowany art. 3 par. 2 pkt 4 p.p.s.a. wyłączył z kompetencji sądów m.in. czynności i akty podejmowane w ramach postępowań uregulowanych w ramach działu IV, V i VI ordynacji podatkowej, czyli postępowań podatkowych, kontroli oraz czynności sprawdzających.
W efekcie jeśli w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego Naczelnik Urzędu Skarbowego wyda postanowienie w sprawie przedłużenia terminu na dokonanie zwrotu VAT, zdaniem sądów, przedsiębiorca może wnieść skargę tylko do Dyrektora Izby Skarbowej. Każda ze skarg kierowana do sądów administracyjnych będzie zatem najprawdopodobniej odrzucona.
