W dniu 7 marca 2018 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał wyrok (sygn. I FSK 769/16) dotyczący prawa do odliczenia podatku naliczonego w przypadku dokonywania w dobrej wierze zakupu usług od podmiotu niezarejestrowanego jako czynny podatnik VAT.
Spółka zawarła z kontrahentem umowę o świadczenie usług informatycznych, na które otrzymywała faktury spełniające wymogi ustawy o VAT, w tym dotyczące informacji o tożsamości wystawiającego oraz rodzaju wykonywanych usług. Zakupione usługi były faktycznie wykonywane, a spółka opłacała faktury, wraz z należnym podatkiem VAT, na rachunek bankowy kontrahenta oraz odliczała wykazany na nich podatek. Spółka nie weryfikowała statusu podatnika VAT usługodawcy, a po pewnym czasie uzyskała informację o braku jego rejestracji na VAT oraz w CEiDG. Spółka oświadczyła że nie posiada wiedzy na temat rozliczeń kontrahenta z organami podatkowymi, składanych przez niego deklaracji oraz powodów wystawiania przez niego faktur pomimo braku takiego prawa. Minister Finansów wydał interpretację, w której odmówił spółce prawa do odliczenia VAT, która następnie została uchylona przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie.
NSA oddalił skargę kasacyjną Ministra Finansów uznając, że spółka dokonywała transakcji w dobrej wierze i nie można odmówić jej prawa do odliczenia podatku z faktur wystawianych przed dniem poinformowania jej o braku rejestracji usługodawcy na VAT. Ochrona podatnika wynikająca z dobrej wiary wygasła bowiem dopiero z chwilą uzyskania przez niego informacji o nierzetelności kontrahenta.
