W dniu 11 lutego 2015 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał wyrok (sygn. akt I FSK 621/14) dotyczący zasad wydawanie postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku VAT w związku z weryfikacją złożonej deklaracji.
W deklaracji VAT-7 za kwiecień 2013 r. Spółka wykazała różnicę podatku VAT do zwrotu. Jednakże 21 maja 2013 r. organy podatkowe wszczęły kontrolę podatkową w zakresie prawidłowości rozliczenia VAT, obejmującą okres od 1 do 30 kwietnia 2013 r. Z uwagi na fakt, że termin zwrotu nadwyżki podatku VAT za kwiecień 2013 r. przypadał na dzień 3 czerwca 2013 r., a do 29 maja 2013 r. organ nie uzyskał odpowiedzi odnośnie wyniku kontroli u kontrahenta kontrolowanego podatnika, organ postanowieniem z 29 maja 2013 r. przedłużył termin zwrotu VAT, nie podając jednakże dokładnych przyczyn przedłużenia tego terminu.
W dniu 12 czerwca 2013 r. tym razem urząd kontroli skarbowej wszczął postępowanie kontrolne na podstawie ustawy o kontroli skarbowej i prowadził weryfikację zasadności zwrotu VAT.
Spółka zaskarżyła ww. postanowienie Naczelnika US o przedłużeniu terminu zwrotu VAT. Po zaskarżeniu postanowienia, US argumentował, iż przedłużenie terminu na zwrot konieczne było z uwagi na wszczęte przez UKS postępowanie kontrolne.
Sprawa po przejściu trybów odwoławczych trafiła do NSA. Zdaniem Sądu, postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu podatku VAT jest skuteczne do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonanej w ramach procedury wskazanej w tym postanowieniu. Wraz ze zmianą procedury weryfikacji konieczne jest wydanie kolejnego postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika w nowej procedurze. Przedłużenie terminu zwrotu podatku następuje więc nie tyle do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika, ile do czasu zakończenia tej weryfikacji dokonywanej w ramach danego postępowania.
Postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku wydane w związku z weryfikacją rozliczenia podatnika w jednym z postępowań wskazanych w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT wywiera zatem skutki do czasu zakończenia tego postępowania, a w sytuacji wszczęcia innego postępowania weryfikacyjnego, organ powinien wydać nowe postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu.
