W dniu 24 października 2016 r. NSA wydał dwie uchwały (sygn. akt: I FPS 2/16 oraz I FPS 3/16), zgodnie z którymi:
- Podatnikom przysługuje prawo do złożenia zażalenia na postanowienie o przedłużeniu zwrotu VAT bez względu na to w ramach jakiej procedury (np. czynności sprawdzających czy postępowania podatkowego) zostało ono wydane. O wątpliwościach w tej kwestii informowaliśmy w Tax Alert nr 40/2016.
- Organy podatkowe nie są uprawnione do dokonywania kontroli krzyżowych u kontrahentów podatnika, którego rozliczenia VAT weryfikują w ramach czynności sprawdzających. Przewiduje się, iż uchwała ta będzie miała zastosowanie tylko do końca 2016 r., gdyż rząd planuje wprowadzenie z dniem 1 stycznia 2017 r. osobnego przepisu w Ordynacji Podatkowej, który będzie wprost przyznawał organom takie uprawnienia.
Nie opublikowano jeszcze pisemnych uzasadnień obu uchwał.