W dniu 14 września 2016 r. WSA w Poznaniu wydał orzeczenie (sygn. akt I SA/Po 198/16) dotyczące stosowania mechanizmu tzw. pre-proporcji w stanie prawnym obowiązującym do końca 2015 r.
Sprawa dotyczyła Spółki zrzeszającej przedsiębiorców zarządzających supermarketami. W każdym z supermarketów Spółka była udziałowcem mniejszościowym. Spółka zapytała organ podatkowy, czy zbycie przez nią udziałów (co było czynnością pozostającą poza zakresem opodatkowania VAT) będzie miało wpływ na prawo do odliczenia podatku naliczonego w zakresie wydatków związanych z ogółem prowadzonej działalności gospodarczej. Zdaniem Spółki zbycie udziałów nie wpływało na prawo do odliczenia podatku naliczonego. Nie przewidywały tego bowiem wprost obowiązujące przed 2016 r. przepisy o tzw. proporcji VAT.
Organ podatkowy nie zgodził się ze stanowiskiem Spółki. Zdaniem organu w przypadku podatku naliczonego wynikającego z wydatków związanych tylko z czynnościami opodatkowanymi oraz z czynnościami nieobjętymi ustawą, Spółka nie mogła stosować pełnego odliczenia. Stanowisko to podzielił WSA w Poznaniu. W uzasadnieniu orzeczenia sąd stwierdził, że prawo do odliczenia przysługiwało wyłącznie w części związanej z wykonywaniem przez Spółkę czynności opodatkowanych VAT. W konsekwencji, w sytuacji wykonywania zarówno czynności podlegających jak i niepodlegających opodatkowaniu VAT Spółka była zobowiązana do zastosowania wstępnej alokacji podatku naliczonego w celu określenia kwoty podatku naliczonego związanego z działalnością gospodarczą, czyli de facto do zastosowania mechanizmu obecnie znanego jako pre-proporcja.
Stanowisko sądu jest odejściem od dotychczas prezentowanej linii orzeczniczej.
Orzeczenie sądu jest nieprawomocne.
