Na podstawie interpretacji indywidualnych wydanych ostatnio przez Dyrektora KIS można dojść do wniosku, że organy podatkowe liberalizują swoje stanowisko w kwestii uznawania za koszty kwalifikowane wynagrodzeń wypłacanych pracownikom zaangażowanym w działalność badawczo-rozwojową.
Początkowo organy uznawały, że nie ma znaczenia, ile czasu zatrudniony naukowiec poświęca na badania i rozwój, a kosztem kwalifikowanym będzie pełne 50% jego wynagrodzenia. Następnie organy zmieniły podejście i twierdziły, iż kosztem kwalifikowanym może być wyłącznie czas pracownika poświęcony na działalność B+R, co należy wykazać za pomocą prowadzonej szczegółowo ewidencji.
Aktualnie organy stoją na stanowisku, że nie trzeba liczyć godzin przepracowanych przez pracowników na działalność innowacyjną, aby móc skorzystać z ulgi. Wystarczającą przesłanką do skorzystania z odliczenia 50% kosztów my być fakt zatrudnienia pracowników do realizacji działalności B+R, mimo że faktycznie mogą oni wykonywać również inne zadania. Takie stanowisko zostało zaprezentowane m.in. w interpretacjach Dyrektora KIS z dnia 20 marca 2017 r., nr 2461-IBPB-1-3.4510.1086.2016.2.TS i nr 2461-IBPB-1-3.4510.1184. 2016.1.TS.