W dniu 14 grudnia 2016 r. NSA wydał orzeczenie (sygn. akt I FSK 742/15) dotyczące odliczania VAT od faktur wystawianych przez członka zarządu.
Sprawa dotyczyła Podatnika, który był zatrudniony w jednej ze spółek na pełen etat i jednocześnie pełnił funkcję udziałowca tej spółki. Podatnik wystawił spółce fakturę z tytułu usług doradztwa technicznego. Faktura została jednak zakwestionowana przez organy podatkowe, które uznały, iż z faktur oraz zebranego materiału dowodowego nie wynika, aby czynności wskazane na fakturach zostały faktycznie wykonane. Zdaniem organu, czynności wskazane na fakturach odpowiadają w rzeczywistości jego obowiązkom, jako prezesa spółki. W związku z tym organ określił Podatnikowi zobowiązanie VAT.
Od tej decyzji Podatnik się odwołał, jednak organ podatkowy II instancji nie uwzględnił argumentacji Podatnika. Zdaniem organu podatkowego, Podatnik nie przedstawił wystarczających dowodów, które świadczyłyby o tym, że świadczył usługi doradztwa technicznego na podstawie innego tytułu prawnego niż umowa o pracę. Z tym stanowiskiem zgodził się zarówno WSA w Gdańsku, jak i NSA. Zarówno sąd I, jak i II instancji uznały, iż działania Podatnika miały na celu wyłudzenie VAT. Zdaniem sądów nie zadbał on dostatecznie o to, aby rozgraniczyć czynności wykonywane w ramach działalności, jako członka zarządu, od tych wykonywanych w ramach działalności odrębnej
