W dniu 26 lipca 2016 r. NSA wydał orzeczenie (sygn. akt II FSK 196/15) dotyczące kwestii zwrotu oprocentowania od nadpłaty podatku od nieruchomości.
Spór dotyczył Spółki, która złożyła deklarację podatku od nieruchomości, którą następnie skorygowała na kwotę 0 zł, wskazując na zwolnienie z tytułu statusu zakładu pracy chronionej.
Prezydent Miasta określił Spółce wysokość przedmiotowego zobowiązania, z którą to decyzją Spółka się nie zgadzała i odwołała się od niej. Końcowo, Spółce określona została wysokość zobowiązania o 100.000 zł niższa od pierwotnej. Spółka nie kwestionowała tej decyzji, ale po wyliczeniu nadpłaty wystąpiła o dokonanie zwrotu tej kwoty wraz z odsetkami. Prezydent Miasta zwrócił Spółce nadpłatę, ale bez odsetek. Decyzja została podtrzymana przez SKO, które uznało, że to z winy Spółki postępowanie podatkowe trwało tak długo.
Spółka odwołała się do WSA, który przyznał jej rację. WSA wyjaśnił, że zasadą jest oprocentowanie należne od dnia powstania nadpłaty. Sąd ponadto uznał, iż wyjątki od tej zasady nie dotyczą przedstawionego stanu faktycznego, ponieważ to Prezydent Miasta wydając błędną decyzję spowodował konieczność jej uchylenia, a w konsekwencji powstanie nadpłaty.
Organ odwołał się od wyroku sądu I instancji, jednak NSA zgodził się ze stanowiskiem Spółki podtrzymanym przez WSA. Zdaniem NSA to organ ponosi pełne ryzyko skutków późniejszego uchylenia decyzji i powstania nadpłaty podatku. Sąd przypomniał również, że oprocentowanie nadpłaty pełni funkcje odszkodowawcze i ma za zadanie naprawić szkodę wyrządzoną działaniami organów podatkowych.
