W dniu 19 maja 2016 r. Naczelny Sąd Administracyjny skierował pytanie prejudycjalne do Trybunału Sprawiedliwości UE (TSUE) w sprawie możliwości uzyskania zwrotu nienależnie pobranego podatku VAT za okresy objęte przedawnieniem, w przypadku gdy nadpłata powstała w wyniku orzeczenia TSUE.
Sprawa dot. spółki, która w związku z wyrokiem TSUE w sprawie C-224/11 BGŻ Leasing z 17 stycznia 2013 r. złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty za lata 2005 – 2007. Organy podatkowe odmówiły spółce zwrotu nadpłaty z uwagi na upływ terminu przedawnienia. Stanowisko organów zostało też podtrzymane przez WSA.
Niemniej, NSA powziął wątpliwość czy sytuacja, w której z uwagi na upływ terminu przedawnienia podatnicy nie mają możliwości uzyskania zwrotu VAT pobranego niezgodnie z przepisami unijnymi, jest zgodna z zasadami Unii Europejskiej. W związku z tym skierował pytanie prejudycjalne do TSUE.
